不是。
1.歷史不同
南京博物院是中國最早的博物館之一，是一座大型綜合性省級歷史藝術博物館，其前身是1933年蔡元培發起成立的國立中央博物館(即國民政府時期的中央博物館)籌備處。
南京博物館，它的正式名稱應該是“南京博物館”。其前身是解放初期成立的南京市文物保護委員會，1978年更名為“南京博物院”。
2.級別和大小
不同
南京博物院是國家級博物館，是僅次于北京故宮博物院的全國第二大博物館，全國重點文物保護單位。
南京博物館是南京綜合性歷史藝術博物館，江南最大的古建筑群，江蘇省重點文物保護單位。
3.地址不一樣
南京博物院位于南京城東中山門中山路321號，占地約13萬平方米。
南京博物館位于朝天宮4號。
4.不同系列
南京博物院各類藏品42萬余件(套)，居全國前三，從舊石器時代到現在；既有全國性的，也有地域性的；不僅有宮廷傳世品，還有考古發掘品，還有一部分是社會收藏和捐贈的。它們是歷代的瑰寶，引起了國內外學術界的關注。
青銅、玉器、陶瓷、金銀器皿、竹木牛角、漆器、絲綢刺繡、字畫、印章、銘文、雕像等。都有，每個品種都有自己的歷史系列。
南京博物館的藏品相對較少，藏品更多與南京的歷史有關。
